Les biocarburants dits de deuxième génération seront obtenus à partir de produits ligneux, comme des résidus forestiers ou des pailles ou encore de cultures dédiées comme des taillis à croissance rapide.
Deux voies sont possibles pour transformer la biomasse en biocarburants': la voie thermochimique pour obtenir des hydrocarbures de synthèse (on parle de BtL, ou biomass to liquid) et la voie biochimique qui aboutit à l’éthanol.
Dans cette voie, la biomasse subit une hydrolyse enzymatique qui transforme les produits ligneux en sucres plus simples qui sont ensuite fermentés pour donner de l’éthanol. Cette deuxième phase du processus est commune avec le process actuel d’obtention de bio-éthanol. Les travaux de l’Institut français du pétrole, en collaboration avec l’Inra et le CNRS, portent notamment sur la sélection des enzymes capables de «'couper'» les sucres complexes que sont la cellulose et les hémicelluloses du bois, de la paille ou des tiges de maïs en sucres fermentescibles. Cette voie est loin d’être opérationnelle.
La voie thermochimique, qui intéresse les pétroliers, est beaucoup plus lourde et se rapproche de la pétrochimie par les procédés et les équipements nécessaires. Dans une première étape de traitement à haute température, la biomasse est transformée en gaz de synthèse. Ensuite, ce gaz purifié est transformé en gazole suivant le procèdé Fischer-Tropsch que l’IFP a développé pour la filière gaz (GtL ou en anglais Gas to Liquid). Les hydrocarbures de synthèse obtenus sont d’excellente qualité, sans soufre ni composé aromatique, et donc parfaitement adapté aux moteurs diesel.
Des unités de GtL fonctionnent sur certains champs de pétrole pour utiliser les gaz précédemment brûlés, mais il n’existe actuellement que des unités pilotes de BtL. Total envisage de construire une telle unité alimentée par des graisses animales à Dunkerque.
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